侧边栏壁纸
博主头像
toolsoh.com

工欲善其事,必先利其器,器欲尽其能,必先得其法。

  • 累计撰写 42 篇文章
  • 累计创建 8 个标签
  • 累计收到 2 条评论

目 录CONTENT

文章目录

16个常用生物信息在线工具

toolsoh.com
2022-05-21 / 0 评论 / 0 点赞 / 231 阅读 / 1,517 字
温馨提示:
本文最后更新于 2022-05-22,若内容或图片失效,请留言反馈。部分素材来自网络,若不小心影响到您的利益,请联系我们删除。

以下文章来源于:头条,作者:ZhangYiHui

16个常用生物信息在线工具

韦恩图

工具:Venny2.0

地址:
http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
image

基因预测

工具:FGENESH

地址:
http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind
image

phylogenetic

工具:iTOL

地址:
http://itol.embl.de/index.shtml
image

启动子区预测

工具:Promoter Scan

地址:
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
image

蛋白质一级结构分析

工具:PredictProte

地址:
https://www.predictprotein.org/home
image

工具:ExPASy-ProtParam tool

地址:
http://web.expasy.org/protparam/
image

信号肽

工具:SignalP

地址:
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
image

跨膜结构域

工具:TMHMM Server v. 2.0

地址:
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
image

蛋白质亚细胞定位

工具:PSORT II Prediction

地址:
http://psort.hgc.jp/form2.html
image

蛋白质三级结构预测

工具:SWISS-MODEL

地址:
http://swissmodel.expasy.org/interactive
image

短序列拼接

工具:Cap3

地址:
http://doua.prabi.fr/software/cap3
image

多序列比对相似性展示

工具:SimiTriX-SimiTetra

地址:
http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php
image
image

绘制GO注释结果

工具:WEGO(Web Gene Ontology Annotation Plotting)

地址:
http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl
image

蛋白质domain

工具:Pfam database

地址:http://pfam.xfam.org/
image

基因组杂合性评估

工具:GenomeScope

(Estimate genome heterozygosity, repeat content, and size from sequencing reads using a kmer-based statistical approach)
地址:
http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2
image

circos图

工具:CIRCOS

(可以用来画基因组数据的环状图,也可以用来绘制其它数据的相关环状图。)
地址:
http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
image

  1. 需要注意的是上传数据格式为空格或tab分隔的txt格式纯文本列表文件,值均为非负整数,若存在缺失值,用“-”线代替,若有小数,每一个单元格乘以某一值(如1000),化为整数,且每个单元格中只能有数字,其他任何符号都不行,除了缺失的“-”,(1555,而不是1555)。
  2. 在线版只能绘制75阶方阵数据,若需要绘制较复杂的请下载Circos and use the tableviewer tool。
  3. 每一个标签所对应半圈的总长度为这一标签所对应的所有值的和,不同半圈间连线表示这两标签所表示的值。
0

评论区